A detecção de MSI é relevante no diagnóstico da Síndrome do Câncer Colorretal Hereditário Não Associado a Polipose (Síndrome de Lynch), na não indicação de quimioterapia adjuvante no câncer de Cólon estádio II e também, mais recentemente, para a indicação de imunoterapia (anti-PD1) no tratamento do câncer colorretal metastático refratário ao tratamento sistêmico convencional.